Всё-таки посмотрела (правда, у меня сейчас нет возможности проверить, не были ли внесены какие изменения в законодательство):
Согласно Приказу МВД РФ от 23 октября 1995 г. N 393
"Об утверждении Инструкции о применении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации"
регистрация несовершеннолетних детей по месту пребывания родителей производится независимо от согласия собственников помещений. В приказе содержится исчерпывающий перечень необходимых для регистрации документов, и согласия собственника помещения среди них нет.
Хотя, действительно, многие паспортные столы его требуют ( я нашла в инете дискуссии по этому поводу), но это неправомерно, судя по всему.